Yugi Muto es un chico de buen corazón, aunque un poco tímido, al que le gustan más los juegos que pasar tiempo con sus compañeros. Un día, el celador de su escuela lo chantajea por dinero a cambio de protegerlo de los matones de la escuela. Mientras piensa cómo solucionar esa situación, Yugi termina el Rompecabezas del Milenio, despertando el poder de ese artefacto, que le da una personalidad más fuerte y agresiva. Este Yugi Oscuro va derrotando a ese celador y a otros matones de la escuela en los Juegos Oscuros, donde expone la maldad de esas personas y los castiga por haber lastimado a sus amigos y a los más débiles.