Tras derrotar a Shredder, las tortugas han vivido en paz. Pero la preocupación del maestro Splinter llega cuando algo extraño empieza a maquinarse en la ciudad de Nueva York: el científico Max Winters está organizado un ejército de viejos monstruos. Sólo ellos, los jóvenes mutantes Leonardo, Michelangelo, Donatello y Raphael, y la ayuda de viejos aliados April ONeil y Casey Jones, podrán hacer frente al misterioso Foot Clan.
