Debido al influjo sobre la Tierra de un agujero negro, el 13 de marzo, a las 13 horas 13 minutos y 13 segundos se producirá un fenómeno denominado «P13». Las medidas del gobierno para afrontarlo se estudian en el más absoluto secreto: se han limitado a señalar que es importante suspender por unos instantes toda actividad peligrosa, así como mantenerse alejado de los lugares de riesgo. Sin embargo, esta información se ha mantenido oculta con la idea de no alterar a la población.
Fuyuki Kuga, detective de la Jefatura de Policía de Tokio, y su hermano mayor, Seiya, inspector de policía adscrito a la misma Jefatura, se ocupan en esos momentos de un asunto de atraco a mano armada, pero, debido a un error de Fuyuki, Seiya resulta herido de bala por un miembro del grupo criminal al que persiguen. Por su parte, Fuyuki recibe también un balazo de los delincuentes y se desmaya. Cuando recobra el conocimiento, constata que no queda nadie en las calles de Tokio.
Deambulando por la ciudad, sin comprender qué está pasando, encontrará a otras diez personas que han sufrido el mismo fenómeno. Incapaces de asimilar la situación, el grupo intenta sobrevivir vagando por un Tokio en ruinas, devastado por las catástrofes naturales y las enfermedades.
