Tras la misteriosa desaparición de Fanshawe, íntimo amigo de la infancia del narrador de la historia, éste recibe el encargo de decidir cuál de los manuscritos que Fanshawe redactó a lo largo de los años merece ser publicado.
El mismo Fanshawe le pidió a su mujer que, si algún día él faltaba, debería buscar a su viejo camarada para tal misión. Mientras el narrador se sumerge en la obra de su amigo, irá absorbiendo también sus vivencias y sus recuerdos.
Con La habitación cerrada Paul Auster concluye La trilogía de Nueva York, una obra que reconfigura la concepción de las novelas de detectives.
