Varsovia, 1942. Jacob, un niño judío, habita en las calles del gueto, donde fue confinado junto con su tío Menahem por los nazis, tras verse separado de sus padres y hermano en el fragor del conflicto que asola Europa. Para vencer las extremas penalidades que conlleva la vida en el gueto, Jacob comercia y trapichea como puede con los más variados enseres y objetos.
A su todavía corta edad, ha hecho del contrabando a baja escala su medio de supervivencia. Siempre que puede, ayuda también a dos hermanas huérfanas, Esther y Sara, a quienes lleva casi a diario un trozo de pan, una patata o una simple pero muy preciada zanahoria.
El pequeño Jacob tiene un peligroso y cruel enemigo en Daniel, uno de los policías elegidos por los nazis entre los propios judíos para pastorear a la comunidad caída en desgracia. Pero encontrará también un valioso y providencial aliado en el doctor Korczak, intelectual eminente y hombre de buen corazón, que se ha convertido en benefactor de más de doscientos niños, a los que acoge y alimenta en una suerte de orfanato; un islote de paz en medio del horror.
Sin embargo, lo que Jacob y el resto de los habitantes del gueto desconocen aún, es que el principal jerarca de las SS, Heinrich Himmler, ha decidido zanjar para siempre el problema judío mediante un plan denominado la Solución Final, que pretende llevar a efecto en breve.