Una nave solitaria, Sidonia, surca el vacío diez siglos después de la destrucción total del sistema solar. Las enormes, casi indestructibles pero apenas inteligentes, formas de vida extraterrestres que destruyen el hogar de la humanidad aún son una amenaza a la existencia.
Nagate Tanikaze solo ha conocido la vida en las entrañas del estrato resplandeciente en el que los humanos han alcanzado la fotosíntesis y nuevos géneros.
No mucho después de que emergido del submundo, sin embargo, al joven se le hace entrega de un legado atesorado, ofrecido por la equilibrada capitana de la nave.
