La historia se sitúa exactamente después del epílogo de la serie anterior; con los personajes a punto de iniciar la secundaria baja; tras un período de tranquilidad una vez que Sakura logró recapturar a todas las cartas.
Ahora es momento de que la protagonista pueda relajarse y disfrutar de un nuevo ciclo escolar; con sus amigas de siempre y el regreso de Syaoran Hasta que surgen complicaciones: las cartas de Sakura pierden su poder; y una vez más tiene que reiniciar su captura.
Así nacen las clear cards; unas misteriosas cartas transparentes. Pero eso no es todo Ahora guiada por la Llave de los Sueños y a su vez desorientada por las premoniciones que le surgen al soñar (a veces dormida; a veces despierta); Sakura se embarca en una nueva aventura; que por supuesto incluye nuevos personajes; diseños impresionantes y las impredecibles vueltas de tuerca a las que nos tienen malacostumbrados las autoras de este manga.
Clear Card ya fue adaptado a un exitoso anime.